การผลิตสารประกอบเช่นกรดไขมันสายสั้น ส่งผลกระทบต่อพฤติกรรมของเซลล์ภูมิคุ้มกันทั่วร่างกาย รวมถึงเซลล์ในสมองที่สามารถทำลายเนื้อเยื่อสมองและกระตุ้นการเสื่อมของระบบประสาทในสภาวะต่างๆ ในการปรับรูปร่างไมโครไบโอมในลำไส้เพื่อป้องกันหรือรักษาการเสื่อมสภาพของระบบประสาท ยาปฏิชีวนะหนูอายุน้อยเป็นเวลาเพียงหนึ่งสัปดาห์

การเปลี่ยนแปลงอย่างถาวรในไมโครไบโอมในลำไส้ของพวกมัน การตอบสนองทางภูมิคุ้มกันของพวกมัน และการเสื่อมของระบบประสาทที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนที่เรียกว่า เอกภาพ สิ่งที่น่าตื่นเต้นคือการจัดการไมโครไบโอมในลำไส้อาจเป็นวิธีที่ส่งผลต่อสมองโดยไม่ต้องใส่อะไรเข้าไปในสมองโดยตรง มีหลักฐานสะสมว่าไมโครไบโอมในลำไส้ของคนที่เป็นโรคอัลไซเมอร์อาจแตกต่างจากของคนที่มีสุขภาพดี แต่ยังไม่ชัดเจนว่าความแตกต่างเหล่านี้เป็นสาเหตุหรือผลลัพธ์ของโรคหรือทั้งสองอย่างและการเปลี่ยนแปลงของ microbiome อาจมีผลกระทบอย่างไรต่อการเกิดโรค